Η κεντρική διοίκηση του ΕΚ Αθηνά ασκείται από τη Γενική Διεύθυνση, με Γενικό Διευθυντή τον κ.Γιάννη Ιωαννίδη, καθηγητή στο ΕΚΠΑ. Ο σχεδιασμός, η λήψη και ο έλεγχος όλων των αποφάσεων που αφορούν την λειτουργία του ΕΚ Αθηνά έχει ανατεθεί στο Διοικητικό Συμβούλιο.
Σύμφωνα με την τελευταία ανασυγκρότησή του το ΔΣ του ΕΚ Αθηνά αποτελείται από τα εξής μέλη:
- Γιάννης Ιωαννίδης, Γενικός Διευθυντής του ΕΚ "Αθηνά", ως Πρόεδρος
- Δημήτριος Σερπάνος, Διευθυντής του Ινστιτούτου Βιομηχανικών Συστημάτων του ΕΚ "Αθηνά", ως Αντιπρόεδρος
- Σπυρίδων Ράπτης, Ερευνητής Α', Διευθυντής του Ινστιτούτου Επεξεργασίας του Λόγου του ΕΚ "Αθηνά", ως Μέλος
- Μίνως Γαροφαλάκης, Διευθυντής του Ινστιτούτου Πληροφοριακών Συστημάτων του ΕΚ "Αθηνά", ως Μέλος
- Βασίλειος Κατσούρος, Ερευνητής Α', εκπρόσωπος των Ερευνητών & Ειδικών Λειτουργικών Επιστημόνων (Ε.Λ.Ε.), ως μέλος, με αναπληρωτή τον Αθανάσιο Καλογερά
- Παναγοπούλου Βασιλική, εκπρόσωπος του τακτικού Ειδικού Επιστημονικού – Τεχνικού – Διοικητικού Προσωπικού, ως μέλος, με αναπληρωτή τον Αναστάσιο Πατρικάκο