Η έρευνα πρώτης γραμμής και η προώθηση της καινοτομίας στις Τεχνολογίες της Πληροφορίας είναι η κύρια αποστολή του Ερευνητικού Κέντρου «Αθηνά» ως του μοναδικού Κέντρου της χώρας με αποκλειστική στόχευση αυτές τις τεχνολογίες.
Οι επιστήμονες του Κέντρου ερευνούν κρίσιμα προβλήματα όχι μόνο στην πληροφορική και τις επικοινωνίες, αλλά και στα σημεία επαφής αυτών των τεχνολογιών με τις άλλες επιστήμες και την υπόλοιπη ανθρώπινη δραστηριότητα. Το όραμα του Κέντρου είναι η αντιμετώπιση μεγάλων επιστημονικών προκλήσεων και η θετική επίδραση στον κόσμο μέσα από τεχνολογικά επιτεύγματα που θα απαντούν σε κοινωνικές προκλήσεις, θα βελτιώνουν τις παραγωγικές διαδικασίες, θα εμπνέουν τη δημιουργικότητα, και θα διευκολύνουν τη μετάβαση προς την έξυπνη και βιώσιμη ανάπτυξη για όλους.
Ως φορέας προώθησης της έρευνας και καινοτομίας έχει την τεχνογνωσία του πλήρους κύκλου από τη βασική έρευνα, την έρευνα και τεχνολογική ανάπτυξη, τη διάχυση και αξιοποίηση των αποτελεσμάτων της έρευνας και τεχνολογικής ανάπτυξης, καθώς και την παροχή εξειδικευμένων υπηρεσιών υποστήριξης της καινοτομίας και επιχειρηματικότητας, καθώς και τεχνογνωσία και υποδομές για την παροχή εκπαίδευσης και κατάρτισης, υποστηριζόμενης από σύγχρονα ψηφιακά εργαλεία υποστήριξης της μαθησιακής διαδικασίας.