Σημαντική δραστηριότητα του ΕΚ 'Αθηνά' είναι η υλοποίηση και λειτουργία ερευνητικών υποδομών με εθνική ή και διεθνή εμβέλεια. Οι υποδομές αυτές προσφέρουν υψηλού επιπέδου υπηρεσίες στην ερευνητική κοινότητα, υποστηρίζουν τις ευρωπαϊκές πολιτικές για την ανοιχτή επιστήμη και επιτρέπουν πρόσβαση σε επιχειρήσεις που επιδιώκουν να καινοτομήσουν με βάση την πρωτόγνωρη εργαστηριακή ισχύ που αυτές οι συνεργατικές υποδομές παρέχουν.
Ανάπτυξη Εθνικών Ερευνητικών Υποδομών
Το Ινστιτούτο Επεξεργασίας του Λόγου αναπτύσσει το ελληνικό σκέλος της υποδομής CLARIN, ενός πανευρωπαϊκού δικτύου οργανισμών μέσω του οποίου συγκεντρώνονται, τεκμηριώνονται, συντηρούνται και διαμοιράζονται Γλωσσικοί Πόροι, Τεχνολογίες και διαδικτυακές Υπηρεσίες Γλωσσικής Επεξεργασίας. Σήμερα μέσω του CLARIN, οι ερευνητές των ανθρωπιστικών και των κοινωνικών επιστημών αποκτούν ένα πολύτιμο εργαλείο: ένα μοναδικό σημείο πρόσβασης σε γλωσσικούς πόρους και διαδικτυακές υπηρεσίες για την υποστήριξη κάθε ερευνητικής δραστηριότητας (ανεξαρτήτως επιστημονικού αντικειμένου).
Η Εθνική Ψηφιακή Υποδομή για την Έρευνα στις Ανθρωπιστικές Επιστήμες υλοποιείται από ένα δίκτυο ακαδημαϊκών ιδρυμάτων, Πανεπιστημίων και ερευνητικών κέντρων, το οποίο συγκροτήθηκε προκειμένου να συμβάλλει στην ανάπτυξη της έρευνας στις ανθρωπιστικές επιστήμες με χρήση τεχνολογιών της πληροφορίας. Η εισαγωγή της διαχείρισης της πληροφορίας και των ψηφιακών μεθόδων έρευνας στο πεδίο των ανθρωπιστικών επιστημών κατέστησε αναγκαία την πρωτοβουλία αυτή, που θα διευκολύνει τη χρήση μεθοδολογικών και τεχνολογικών προτύπων, βέλτιστων πρακτικών, καθώς και την ανταλλαγή τεχνογνωσίας και την πρόσβαση σε γνωσιακούς πόρους. Στο πλαίσιο αυτό, το δίκτυο ΔΥΑΣ συμβάλλει στην Ευρωπαϊκή Υποδομή DARIAH-EU, η οποία έχει ως στόχο να συνδέσει τις εθνικές υποδομές και να ενσωματώσει τα αποτελέσματα των τοπικών δραστηριοτήτων σε ένα κοινό ευρωπαϊκό πλαίσιο.
Συμμετοχή και παροχή υπηρεσιών (e-Infrastructure) σε ερευνητικές υποδομές -εθνικές και διεθνείς-
Το ΕΚ «Αθηνά» συμμετέχει σε πλήθος έργων που στοχεύουν στην ανάπτυξη ερευνητικών υποδομών σε ποικίλους επιστημονικούς τομείς προσφέροντας τεχνογνωσία και τεχνολογίες για την υποστήριξη της διαχείρισης των ψηφιακών δεδομένων που παράγονται από και για τη λειτουργία των υποδομών αυτών:
Υποδομές με οριζόντια δράση:
- OpenAIRE2020: στοχεύει στην εξασφάλιση περισσότερων πόρων για την καλύτερη οργάνωση και διάδοση της Ανοικτής Πρόσβασης στην κοινωνία κάθε ευρωπαϊκού κράτους, ερχόμενο σε επαφή με ερευνητές, χρηματοδότες έρευνας, υπουργεία και γενικά φορείς έρευνας. Επίσης, βασικός του στόχος είναι η σύνδεση των διαφόρων ερευνητικών δημοσιεύσεων με δεδομένα έρευνας, και όχι μόνο, στην απλή διαχείριση και αποθήκευση δεδομένων έρευνας. Η Ανοικτή Πρόσβαση των ερευνητικών δημοσιεύσεων που θα τύχουν χρηματοδότησης από το πρόγραμμα «Ορίζοντας 2020» αναφέρεται πλέον ως υποχρέωση όλων των ερευνητών.
- RDA Europe – the European plug-in to the global Research Data Alliance (RDA)
To Eρευνητικό Κέντρο "Αθηνά" και το Ευρωπαικό Στρατηγικό Φόρουμ Ερευνητικών Υποδομών (ESFRI)
Ο Πρόεδρος και Γενικός Διευθυντής του ΕΚ “Αθηνά” καθηγ. Γ.Ιωαννίδης είναι ο εθνικός εκπρόσωπος της Ελλάδας στο European Strategy Forum for Research Infrastructures (ESFRI) . Είναι μέλος του Εκτελεστικού συμβουλίου του ESFRI και εκπρόσωπος του ESFRI στην Ομάδα Προβληματισμού για τις Ηλεκτρονικές Υποδομές (e-Infrastructures Reflection Group – e-IRG).
Το 
«Αθηνά» συμμετέχει ως εταίρος στο έργο StR-ESFRI (EC/H2020) το οποίο έχει αναλάβει την υποστήριξη του ESFRI για την ανάπτυξη των δραστηριοτήτων του και την ενίσχυση των υποδομών που εντάσσονται στο Ευρωπαϊκό Οδικό Χάρτη των Ερευνητικών Υποδομών. Το Κέντρο είναι υπεύθυνο για τις δράσεις διάχυσης και ενημέρωσης.