Διευθυντής: Ο Διευθυντής του ΙΕΛ / Ε.Κ. «Αθηνά» προΐσταται των υπηρεσιών του Ινστιτούτου και είναι αρμόδιος για την σύνταξη του ερευνητικού και αναπτυξιακού προγράμματος, την κατάρτιση του προϋπολογισμού, απολογισμού, ισολογισμού και την σχετική εισήγηση στο Δ.Σ. του Ε.Κ. «Αθηνά», καθώς και την προώθηση της εφαρμογής και παραγωγικής αξιοποίησης των αποτελεσμάτων της έρευνας ή την αξιοποίησή τους από όργανα λήψης αποφάσεων στο δημόσιο και ιδιωτικό τομέα. Εκτελών χρέη διευθυντή του ΙΕΛ / Ε.Κ. "Αθηνά" είναι ο κ. Γιάννης Ιωαννίδης, Καθηγητής του Τμήματος Πληροφορικής και Τηλεπικοινωνιών του Πανεπιστημίου Αθηνών και Γενικός Διευθυντής του Ε.Κ. "Αθηνά". Αναπληρωτής διευθυντής είναι ο κ. Σπύρος Ράπτης, Ερευνητής Β' βαθμίδας.
Επιστημονικό Γνωμοδοτικό Συμβούλιο: Το Επιστημονικό Γνωμοδοτικό Συμβούλιο (ΕΓΣ) επικουρεί τον Διευθυντή του Ινστιτούτου στην άσκηση των αρμοδιοτήτων του. Αποτελείται από τον Διευθυντή του Ινστιτούτου ως πρόεδρο και τέσσερα μέλη τα οποία είναι ερευνητές Α, Β ή Γ που εκλέγονται με μυστική ψηφοφορία από το σύνολο των ερευνητών του Ινστιτούτου. Το ΕΓΣ συγκαλείται από τον Πρόεδρό του και συνεδριάζει τουλάχιστον 2 φορές τον χρόνο.